Conjunto misional, la iglesia fue construida, entre 1750 y 1760, por un arquitecto anónimo que siguió con algunos cambios, el modelo establecido por Martin Schmid. Se conoce que el artista Antonio Rojas realizo, entre 1761 y 1767, los tres retablos, el pulpito y los cuatro confesionarios.

El proceso de restauración a cargo del arquitecto suizo Han Roth se realizó entre 1979 y 1983 junto al padre Godofredo Trenker, manteniendo las características de estilo de las misiones jesuíticas de Chiquitos. Los horcones y el maderamen de la iglesia son nuevos, mientras que los viejos se utilizaron en la casa parroquial. Los muros de adobe, partes de la pintura mural y del mobiliario así como las esculturas son originales. Su altar de hojas doradas y sus pinturas murales se consideran únicos en la Chiquitania.

El conjunto misional de San Miguel se destaca por su elevación, ya que se accede mediante una imponente gradería sobre el nivel de la plaza. A la izquierda, el campanario asume una posición predominante, con el aspecto de una torre maciza que simboliza el control jerárquico sobre la misión, este conduce al patio del colegio y casa de los sacerdotes.